根据改革的统一部署,泰州医药高新技术产业开发区人民法院内设9个职能部门。

1. 立案庭（诉讼服务中心） 

主要职能：负责诉讼分流、立案登记、诉讼服务、诉调对接、涉诉信访、司法鉴定等工作；负责小额速裁案件和部分简易程序案件审理工作；负责管辖案件审理工作等。

2.刑事审判庭

主要职能：负责本院管辖的第一审刑事诉讼案件审理工作。

3.民事审判庭(知识产权审判庭)

主要职能：负责本院管辖的第一审民事、知识产权诉讼案件，执行异议审查和异议之诉等审理工作。

4.行政审判庭

主要职能：负责审理本院管辖的环境资源、行政审判等一审诉讼案件。

5. 执行局（执行指挥中心）

主要职能：负责执行本院一审生效法律文书以及法律、司法解释规定应当由本院执行的其他生效法律文书；负责执行本院作出的财产保全、证据保全和先予执行裁定；负责执行上级法院交办与执行工作有关的其他任务等。

6.审判管理办公室（审判监督庭、研究室）

整合审判管理办公室、办公室和审判监督庭等。

主要职能：负责案件质量与流程管理、司法统计与审判态势分析，以及审判委员会日常事务的相关协调工作；负责司法调研、综合文稿、人民陪审员参审事务管理等工作；负责再审申请案件审查和依审判监督程序审理的案件

7. 政治部（督查室）

主要职能：负责法院人员思想政治工作、新闻宣传工作、法院人员业绩考评、机构编制、组织人事管理工作、人民陪审员人员管理和培训等工作。设置专职人员履行内部监督职责，负责司法巡查、审务监督等法院内部监督工作。

8.综合办公室

主要职能：负责处理文秘、机要保密、印鉴使用管理和档案管理、重要事项督办，有关会务与接待事务，人大代表议案、政协委员提案交办督促等工作；负责本院物资装备管理、审判法庭建设、信息化建设、诉讼费管理和财务等工作。

9. 司法警察大队

主要职能：负责司法警察警务和队伍建设工作，依法执行传唤、拘留任务和办公区、法庭安全警卫工作；协助送达在关法律文书，根据上级法院指令协助执行死刑，配合有关审判庭和执行局行使执行任务，维护机关秩序。

依据《中国共产党党和国家机关基层组织工作条例》，设置泰州医药高新技术产业开发区人民法院机关党总支，宣传和执行党的路线方针政策，组织党员学习党的理论、国家法律法规和科学文化知识等；对党员进行教育、管理和服务，负责党员监督工作，加强党风廉政建设，做好发展党员工作；领导机关工青妇等群团组织工作。另按有关规定设置纪检监察机构。